Правительство России утвердило лимит финансирования для строительства новой сцены Мариинского театра на 2011 год. Выделяется сумма в объёме 5 миллиардов 429 миллионов рублей. Это почти столько, сколько Главгосэкспертиза разрешила израсходовать сверх сметы, утверждённой в 2007 году. Дополнительные вливания потребовались в результате радикальных изменений, внесенных по инициативе канадского бюро Diamond&Schmitt Architects в ранее согласованный проект золотого купола, предложенный французским архитектором Домиником Перро.
Так образом, общая стоимость Мариинки-2, окончание строительства которой намечено на 2012 год, составит 19,1 миллиарда рублей (472 миллиона евро) из федерального бюджета. Это вдвое больше, чем планировалось потратить на «золотой купол» Доминика Перро, от которого отказались российские власти и маэстро Валерий Гергиев. В итоге скромная новая сцена самого знаменитого театра северной столицы станет одним из самых дорогих в мире театральных сооружений.
Корректировка проекта была предпринята в 2008 году. Тогда художественный руководитель Мариинки Валерий Гергиев и министр культуры Александр Авдеев неожиданно решили отказаться от ключевого элемента проекта Перро — «золотого купола». Приглашённые после отказа французскому архитектору канадцы Джек Даймонд и Дональд Шмит вместе с российским генеральным проектировщиком — Конструкторским бюро высотных и подземных сооружений (КБ ВиПС) — взялись упаковать остатки прежнего проекта в другую фасадную «оболочку».
В мае 2009 года глава российского правительства Владимир Путин на встрече с Авдеевым, Гергиевым и министром финансов Алексеем Кудриным запретил тратить на это дополнительные деньги и время. Премьер потребовал тогда, чтобы основными условиями конкурса на корректировку проекта Мариинки-2 стали соблюдение сроков строительства (июнь 2011 года) и первоначальная смета расходов (9,5 миллиарда рублей в ценах 2006 года).
Однако выполнить пожелания премьер-министра заказчикам не удалось. Повторное согласование измененного проекта с Главгосэкспертизой проходило по тому же сценарию, что и в 2007 году, когда Доминику Перро сначала указали на якобы имевшиеся в его проекте 400 ошибок. На этот раз более сотни ошибок, связанных с нарушением СНиПов для театральных сооружений, допустило отечественное КБ ВиПС. Замечания касались как технических требований (пожарной безопасности и т. д.), так и «функционала». В частности, недовольство экспертов вызвали проблемы парковок, отсутствие персональных гримёрных для солистов. Проектировавшийся ресторан предложили заменить столовой.
В итоге сменилось руководство организации-заказчика — Северо-Западной дирекции (СЗД) по строительству, реконструкции и реставрации Министерства культуры РФ. Валерия Гутовского, назначенного советником Александра Беглова (заместитель руководителя президентской администрации), сменил бывший чиновник Минкульта Андрей Ермаков. Получить визу Главгосэкспертизы для завершения долгостроя удалось лишь в конце декабря 2009 года, т.е. на более чем на полгода позже запланированного срока.
Одновременно выяснилось, что откорректированная наземная часть Мариинки-2 уже не имеет ничего общего с прежним проектом. По сути это новый проект канадцев, надстроенный над подземельем, автором которого продолжает считаться француз Перро. Внесённые коррективы привели к удорожанию проекта до 10,5 миллиарда рублей.
Однако в целом стоимость проекта Мариинки-2, первые тендеры для которого были проведены еще в 2001 году, уже превысила самые пессимистичные прогнозы Счётной палаты. В 2009 году ведомство Сергея Степашина обещало, что долгострой обойдется не дешевле 18 миллиардов рублей. По данным СЗД, всего на него уже потрачено 13,7 миллиарда рублей. Из них на строительные работы — 7,6 миллиарда. На проектно-изыскательские — 1,5 миллиарада. На театральное оборудование, которое до сих пор не используется— 2,124 миллиарда. Остальные суммы пошли на снос исторической застройки и прочие незапланированные расходы.