Одной из возможных причин аварии скорого поезда называется прекращение подачи электричества на железной дороге. Как сообщили радио "Маяк" в правоохранительных органах столицы, перед аварией машинист применил экстренное торможение. Однако по информации "Комсомольской правды", энергетики Новгородской области отрицают, что перед аварией "Невского экспресса" на территории области были перебои с электричеством. "Отключения нашего оборудования не было", — отметила официальный представитель Межрегиональной распределительной компании (МРСК) Северо-Запада Марина Кожевникова. Одна из вероятных версий — неисправность железнодорожной стрелки. Как рассказал "КП" один из сотрудников Минтранса, если скачок напряжения в сети все-таки был, стрелка могла сама перевестись.
В распростаненном пресс-релизе РЖД сообщается, что одной из версий крушения является подрыв.