Мосгорсуд поздно вечером 9 июня признал Фонд борьбы с коррупцией (ФБК), Фонд защиты прав граждан (ФЗПГ) (ранее обе эти организации были включены Минюстом в реестр иноагентов), а также общественное движение «Штабы Навального» экстремистскими организациями. 16 апреля с соответствующим иском в суд обратилась прокуратуры Москвы.
В апреле деятельность ФБК, ФЗПГ и штабов Навального была приостановлена до решения суда по вопросу признания их экстремистскими организациями. По решению Минюста Фонд борьбы с коррупцией и Фонд защиты прав граждан были включены в реестр НКО, выполняющих функции иностранного агента. 30 апреля Росфинмониторинг включил общественное движение «Штабы Навального» в «перечень организаций, в отношении которых имеются сведения об их причастности к экстремистской деятельности или терроризму».
По версии прокуратуры, целью штабов и фондов было «создание условий» для изменения основ конституционного строя с использованием «сценария цветной революции», к тому же эти НКО осуществляли деятельность в России нежелательных иностранных и международных организаций.
По словам адвоката «Команды 29» Ивана Павлова, прокурор пояснил суду, что под «цветными революциями» он понимает «любую смену власти в стране незаконным путем, не обязательно насильственным». А соратники Алексея Навального, руководящие его штабами и фондами, по словам прокурора, «выводят людей на улицы, чтобы насильственно сменить власть», и «каждая акция ФБК более и более массовая». Представитель МВД добавил, что «незаконный вывод людей на несогласованные акции является проявлением экстремизма». Также прокурор заявил. что публичные обещания представителей ФБК лпомочь выплатить штрафы людям, задержанным на несанкционированных митингах может расцениваться как «финансирование экстремистской деятельности». К экстремизму, по мнению прокурора, относятся и «действия, подпадающие под ст. 236 УК (нарушение санитарно-эпидемиологических правил).
Заседание проходило в закрытом режиме, в отсутствие прессы и слушателей: прокуратура утверждала, что в материалах есть данные, составляющие гостайну. Адвокатам организаций было отказано во всех ходатайствах. В частности, защита просила допустить ответчиков к засекреченной части иска и вызвать в суд Алексея Навального как заинтересованного лица. Кроме того, был подан встречный иск о признании незаконным решения о засекречивании информации из дела. Адвокат также заявили отвод судье, однако и он был отклонен.
Суд постановил, что деятельность ФБК, ФЗПГ и «Штабов Навального» прекращена незамедлительно. После вступления решения суда в силу сотрудники ФБК и активисты штабов Навального, если будут продолжать деятельность, могут быть привлечены в качестве обвиняемых по ст. 282.2 УК (организация деятельности экстремистской организации). Сторонникам ФБК и штабов Навального, которые участвуют в их финансировании, будет грозить уголовная ответственность по ст. 282.3 УК. Максимальный срок лишения свободы по ней — десять лет. О роспуске штабов Навального было объявлено в конце апреля.